La historia de catedral comenzó en 1698 y está estrechamente ligada a los orígenes de Flores
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La Catedral de Nuestra Señora de los Remedios y San Pablo del Itzá, tiene más de 300 años de existencia y está estrechamente ligada al proceso de la conquista en Petén.
Según registros históricos, la conquista del territorio se dio el 13 de marzo de 1697; poco después, el 24 de enero de 1698, se celebró la primera misa católica en la Isla de Flores, justo donde hoy se ubica el templo.

Ese mismo día se fundó el poblado bajo el nombre de Nuestra Señora de los Remedios y San Pablo del Itzá, dando inicio también a la construcción de la iglesia.
El historiador Luis José Hernández indicó que el primer templo fue construido con materiales frágiles como paja y madera, pero con los años ha pasado por varias transformaciones.

La primera gran remodelación ocurrió en 1850, y más de un siglo después, entre las décadas de 1960 y 1970, se rediseñó su fachada. Los arcos que hoy la distinguen fueron finalizados en 1978.
Además de su arquitectura, la Catedral de Flores guarda un fuerte valor espiritual. En su interior se venera al Cristo Negro de Petén, también conocido como el Cristo de Esquipulas, considerado el patrono del departamento.

Su festividad en enero reúne a miles de devotos que le rinden homenaje, reafirmando la importancia del templo como un lugar de encuentro y fe.
Testigo de la transformación del antiguo Noj Petén, este templo es más que una estructura religiosa: representa la memoria viva de un pueblo que resiste y honra sus raíces.