Malacatán es más que un punto geográfico; su historia se remonta a su fundación en 1670 bajo la advocación de Santa Lucía. Este municipio ha tenido un papel clave en la región fronteriza con México, y su evolución incluye ascensos administrativos, actividad agrícola y consolidación comercial.
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El municipio de Malacatán, San Marcos, está ubicado a una distancia de 49 kilómetros de la cabecera departamental de San Marcos y a 300 kilómetros de la ciudad capital.
Fue anteriormente conocido como Santa Lucía Malacatán por su advocación colonial a la Virgen de Santa Lucía. Su nombre se deriva de la lengua náhuatl "malaca", que significa huso (instrumento primitivo de los indígenas para elaborar hilos), y "tlan", lugar o proximidad, que se traduce como lugar junto a los malacates".
El malacate es un eje que gira con la devanadera, que se utiliza para preparar los hilos de telares de pie y de cintura. Santa Lucía es la Virgen Mártir patrona de quienes padecen enfermedades oculares.
El poblado se fundó en 1670 por orden del jefe político de la Corte Territorial de Justicia Superior del Estado de Guatemala, doctor y abogado Alejandro Díaz Cabeza de Vaca.
Luego de la Independencia de Guatemala en 1821, Malacatán perteneció al circuito de Huehuetenango, en el distrito 9 de Totonicapán. El 11 de octubre de 1825 fue ascendida a municipio con el nombre de Santa Lucía Malacatán, y el 16 de diciembre de 1886 se suprimió la municipalidad indígena y se eligió una mixta, conformada por un alcalde, un regidor, un síndico y el secretario.
El primer Alcalde de Malacatán fue el señor Yanuario Díaz y Díaz, originario de Guillén, Estado de Chiapas México.
Luego fue nombrada villa en 1925, y el 26 de junio de 1952 fue reconocida como ciudad por acuerdo gubernativo del presidente Jacobo Árbenz Guzmán, tomando en consideración su creciente importancia económica y comercial, ya que en esa época la principal producción agrícola estaba en las fincas de café, le seguían el cultivo de la caña de azúcar, los cereales y en pequeña escala de producción, las fábricas de capas de hule y de pelotas.
El 15 de agosto de 1939, el Estado de Guatemala compró los terrenos para la posterior construcción del edificio de aduanas, dando paso a una de las fronteras más importantes entre Guatemala y México.
La frontera de El Carmen, entre Guatemala y México, fue establecida luego del Tratado Herrera-Mariscal, suscrito entre el Gobierno de México y el del presidente guatemalteco Justo Rufino Barrios en 1882, y por el que Guatemala renunció a su reclamo del territorio de Chiapas y Soconusco.
El edificio municipal se logró construir entre 1962 y 1966. En noviembre de 1973 se inauguró una terminal de autobuses con 10 locales para oficinas de autobuses, dos locales para carga y descarga de taxis, un local para administración y una pista de 2 mil 500 metros cuadrados.
A lo largo de los siglos, el municipio pasó de ser un poblado a una ciudad fronteriza clave, con hitos administrativos y obras públicas que acompañaron su crecimiento y fortalecieron su papel en la región.
