Fundado en 1860 bajo el gobierno de Rafael Carrera, este municipio ha pasado de ser la hacienda El Potrero a un centro de producción de café, minerales y tradición.
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El 2 de marzo de 1860, el municipio de San Rafael Las Flores, al norte del departamento de Santa Rosa, fue creado bajo un acuerdo gubernativo emitido por el general Rafael Carrera.
Hasta entonces, este había formado parte del municipio de Mataquescuintla, Jalapa, y compartía terreno también con el municipio de San Carlos Alzatate.
Se localiza a aproximadamente 105 kilómetros de la Ciudad de Guatemala y a 52 kilómetros de la cabecera departamental de Santa Rosa.

Este municipio se distinguió por poseer mayormente población ladina, pues al separarse de Mataquescuintla, los indígenas se quedaron en ese municipio.
En sus inicios, los pobladores se dedicaban principalmente a la industrialización de la caña de azúcar y a la fabricación de ladrillos de barro. Pero ahora, San Rafael Las Flores es rico en la producción de café, tomate, cebolla y chile pimiento, además de minerales.
Este municipio colinda con Mataquescuintla, al este con San Carlos Alzatate, al sur con Casillas.

Asimismo, la feria titular se celebra del 22 al 26 de octubre en honor a San Rafael Arcángel, y el 12 de diciembre los pobladores también conmemoran a la Virgen de Guadalupe.
Origen territorial: Antes de su consolidación como municipio, el territorio era una hacienda conocida como "El Potrero". Formaba parte de un bloque municipal más grande junto con Mataquescuintla y San Carlos Alzatate.
División por demografía: La separación que dio origen al municipio actual se debió en gran medida a factores étnicos y demográficos.
Etimología: Su nombre fue elegido en honor a San Rafael Arcángel, quien es el santo patrono de la localidad.
Actividad Minera: En la historia contemporánea (desde aproximadamente 2010), el municipio ha estado en el centro del debate público debido al proyecto minero "El Escobal", inicialmente propiedad de Gold Corp y luego trasladado a Tahoe Resources.

Sobre su santo patrón
La comunidad celebra su fiesta titular cada año en honor a su patrón, destacando los siguientes puntos:
Fecha principal: El día más importante de la celebración es el 24 de octubre.
Actividades regulares: Durante la feria patronal se realizan diversas actividades coordinadas por la Municipalidad de San Rafael Las Flores y la parroquia local, tales como:

- Procesiones y misas en la iglesia local.
- Desfiles de carrozas y eventos culturales.
- Desfiles hípicos con participación de jinetes de la región.
- Conciertos de marimba y grupos locales e invitados.
Significado espiritual: San Rafael es reconocido en la tradición católica como el "arcángel de la curación" y protector de los viajeros.




